Właściwość terytorialna Kapitanatu Portu Gdańsk rozciąga się na przyległe do granic portu wody morskie w pasie o szerokości 1Mm od diametralnej Przekopu Wisły do wschodniej granicy redy Portu Gdańskiego łącznie z redą, dalej od zachodniej granicy redy do około 1 Mm na północny – zachód od Sopot molo (km 78,8 pasa technicznego). Obejmuje także wody portowe i morskie wody wewnętrzne Martwej Wisły i Wisły Śmiałej.

Kapitanat portu Gdańsk jako komórka organizacyjna Urzędu Morskiego realizuje szerokie pasmo zadań miedzy innymi z dziedziny ochrony środowiska, ochrony wód morskich i wybrzeża,  bezpieczeństwa żeglugi, z zakresu inwestycji i remontów, gospodarki terenami, robót czerpalnych i podwodnych, rozwoju portu, polityki w zakresie administracji morskiej czy nadzoru administracyjnego. Powyższymi zadaniami zajmują się poszczególne zespoły do spraw nabrzeży, nawigacji, rejestratury, inspekcji pożarowej, ochrony środowiska oraz Zespół ds. Służby Ruchu, zajmujący się nadzorem bezpieczeństwa żeglugi w porcie.