Właściwość terytorialna Kapitanatu Portu Gdańsk rozciąga się na przyległe do granic portu wody morskie w pasie o szerokości 1Mm od diametralnej Przekopu Wisły do wschodniej granicy redy Portu Gdańskiego łącznie z redą, dalej od zachodniej granicy redy do około 1 Mm na północny – zachód od Sopot molo (km 78,8 pasa technicznego). Obejmuje także wody portowe i morskie wody wewnętrzne Martwej Wisły, Wisły Śmiałej i Motławy od Polskiego Haka do Mostu Zielonego i Mostu Stągiewnego.

Kapitanat portu Gdańsk jako komórka organizacyjna Urzędu Morskiego w Gdyni realizuje zadania związane między innymi z nadzorem nad bezpieczeństwem żeglugi na morskich wodach portowych, nad inwestycjami i remontami infrastruktury portowej, robotami czerpalnymi, podwodnymi i rozwojem portu oraz nad ochroną wód portowych przed zanieczyszczeniami. Powyższymi zadaniami zajmują się poszczególne zespoły do spraw nawigacji, ochrony środowiska, nabrzeży, rejestratury, inspekcji pożarowej oraz zespół ds. Służby Ruchu, zajmujący się nadzorem ruchu statków wchodzących i wychodzących w portu.