Właściwość terytorialna Kapitanatu Portu Gdańsk rozciąga się na przyległe do granic portu wody morskie w pasie o szerokości 1Mm od diametralnej Przekopu Wisły do wschodniej granicy redy Portu Gdańskiego łącznie z redą, dalej od zachodniej granicy redy do około 1 Mm na północny – zachód od Sopot molo (km 78,8 pasa technicznego). Obejmuje także wody portowe i morskie wody wewnętrzne Martwej Wisły,  Wisły Śmiałej i Motławy od Polskiego Haka do Mostu Zielonego i Mostu Stągiewnego.

Kapitanat portu Gdańsk jako komórka organizacyjna Urzędu Morskiego w Gdyni realizuje  zadania związane miedzy innymi z  nadzorem nad bezpieczeństwem żeglugi na wodach portowych, ochroną wód portowych przed zanieczyszczeniami,  inwestycjami i remontami infrastruktury portowej, robotami czerpalnymi i podwodnymi oraz rozwojem portu.  Powyższymi zadaniami zajmują się poszczególne zespoły do spraw: nawigacji, ochrony środowiska, nabrzeży, rejestratury, inspekcji pożarowej,  oraz zespół ds. Służby Ruchu, zajmujący się nadzorem ruchu statków wchodzących i wychodzących w portu.